O Comitê da Sub-Bacia Hidrográfica do Médio Jaguaribe foi criado pelo Decreto nº 25.391 de 01 de março de 1999 e instalado em 15 de abril de 1999, constituído por 30 instituições membro, com funções consultivas e deliberativas representadas nos seguintes segmentos: sociedade civil – 09 instituições; usuários – 09 instituições; poder público municipal – 06 instituições; poder público estadual e federal – 06 instituições.

Com a publicação do Decreto N° 32.470 de 22 de Dezembro de 2017, que Regulamenta os Artigos 44, 47 e 53 da Política Estadual de Recursos Hídricos (Lei N° 14.844/2010), no tocante ao funcionamento dos Comitês de Bacias Hidrográficas, o CSBH Médio Jaguaribe, atualizou o seu regimento interno, que foi publicado no DECRETO N° 33.063, de 10 de maio de 2019,  sendo que o Colegiado passou a ser formado por 40 instituições membros, representadas nos seguintes segmentos: Sociedade civil – 12 instituições; Usuários – 12 instituições; Poder público municipal – 08 instituições e Poder público estadual e federal – 08 instituições.

De acordo com Silva, (2006), na região hidrográfica do Médio Jaguaribe, o trabalho de gestão participativa dos recursos hídricos teve como marco inicial a realização do I Seminário dos Usuários de Água dos Vales perenizados do Jaguaribe e Banabuiú, realizado pela COGERH, no município de Jaguaribe no dia 29 julho de 1994, e contou com a participação dos municípios: São João do Jaguaribe, Jaguaretama, Jaguaribara, Jaguaribe, Alto Santo e Tabuleiro do Norte que fazem parte dessa região hidrográfica e consequentemente do vale perenizado.

Na oportunidade foi formada uma Comissão de Usuários do referido Vale, com o objetivo de discutir a gestão das águas e redefinir o modelo de gestão a ser usado naquela região. Os representantes desses municípios também fizeram parte da referida comissão, que ao todo envolvia 19 municípios com representação de usuários, entidades da sociedade civil, poderes públicos municipais, estaduais e federais. A comissão passou a definir o processo de operação dos principais reservatórios da bacia, Orós e Banabuiú com o apoio técnico da COGERH.

Em 1995, com o objetivo de iniciar a estruturação do processo de apoio a organização dos usuários das águas em cada uma das regiões hidrográficas da bacia do Jaguaribe, foram realizadas reuniões com os representantes de cada região, intitulada de ‘Reunião das Entidades de Usuários das Águas das Bacias do Jaguaribe’.

A reunião na região do Médio Jaguaribe foi realizada em outubro de 1995 e contou com a participação de 45 representantes dos vários segmentos.

Em 1996, a partir de uma avaliação do trabalho na bacia do Jaguaribe, percebeu-se a necessidade de realizar ações no sentido de buscar uma maior articulação no trabalho de organização até então desenvolvido. Nesse sentido, foi realizado, no início daquele ano, o diagnóstico institucional nos 19 municípios do vale, com o objetivo de identificar as instituições com interesse em recursos hídricos e divulgar a Política Estadual de Recursos Hídricos. Nesse mesmo ano, nos meses de maio a julho, foram realizados os encontros municipais em todos os 19 municípios do vale perenizado.

As ações de apoio a organização dos usuários de água nessa região foi inicialmente direcionada para o fortalecimento do processo de alocação participativa de água nos vales do Jaguaribe e Banabuiú. Só em 1997, após a formação do Comitê do Curu, é que o trabalho foi direcionado no sentido de formar os comitês das bacias do Jaguaribe.

Na Região Hidrográfica do Médio Jaguaribe já vinha sendo realizado um trabalho de apoio à organização dos usuários de água em seis municípios, como foi citado anteriormente, restando iniciar o trabalho nos municípios de Pereiro, Potiretama, Iracema, Ererê, Milhã, Solonópole e Dep. Irapuan Pinheiro. Vale ressaltar que, entre 1997 e 1998, foi realizado o diagnóstico institucional desses municípios e, consequentemente, os Encontros Municipais de Gerenciamento dos Recursos Hídricos.

Após os encontros, a Comissão de Usuários da Sub-Bacia do Médio Jaguaribe decidiu pela criação de seu Comitê e para isso, designou um grupo de estudo que teve a responsabilidade de elaborar uma proposta de estatuto para o referido comitê. Dentro de sua composição havia representantes da SRH, COGERH, SAAE, Associações, Secretarias Municipais, EMATERCE e Câmaras Municipais.

No dia 10/12/1998, foi realizado o Encontro Intermunicipal de Gerenciamento dos Recursos Hídricos, em Iracema, que teve o intuito de fortalecer e ampliar a participação dos municípios da bacia.

O Congresso de constituição do comitê foi realizado no dia 17/12/1998, no município de Jaguaribe, no qual contou com a participação dos representantes dos usuários, de instituições governamentais dos poderes públicos municipais, estaduais e federais e instituições não governamentais escolhidos nos encontros municipais da sub-bacia. Na ocasião, foi constituído a primeira formação do comitê, com um número de 30 representantes dos segmentos acima citados.

Com o intuito de chegar à reunião de instalação e posse do comitê com a diretoria escolhida, tendo em vista que a reunião de posse seria em conjunto com o Comitê do Baixo, o colegiado do comitê se reuniu no dia 24/03/1999, em Jaguaribe, para eleição da primeira diretoria executiva do Comitê da Sub-Bacia Hidrográfica do Médio Jaguaribe.

A Reunião de Instalação e Posse do Comitê da Sub-Bacia Hidrográfica do Médio Jaguaribe ocorreu dia 16/04/1999, em Limoeiro do Norte, salientamos que neste evento foram empossados os Comitês do Baixo e Médio Jaguaribe. Nessa ocasião também foi dada posse a primeira Diretoria Executiva do Comitê do Médio Jaguaribe, composta por: José Sarto Correia Lima (Presidente), Cleto Barreto Chaves (Vice-Presidente) e Jesus Jeso Carneiro Freitas (Secretário Geral).